We look forward to seeing you at our May MonBUG meeting!
We have three more great speakers lined up.
David Bujold will be presenting the GenAP portal, which will soon become an essential tool for anyone doing genomic analyses in Canada.
Nadia Tahiri will be presenting her research on the development of new algorithms to build phylogenetic trees.
Nehme Hachem will be presenting his bioinformatics analysis on the impact of chemicals on human health, from a toxicogenomics perspective.
Our presentations and our meetings are deliberately quite short, but you're welcome to stay after to pursue the discussion.
16:00 - 16:10 Introduction, and open floor for questions, comments or announcements from the participants, Alexis Blanchet-Cohen
16:10 - 17:00 "Improving bioinformatics accessibility with the GenAP Portal", David Bujold (McGill)
17:00 - 17:15 Snacks and beverages
17:15 - 17:45 "Bioinformatics algorithms for the reconstruction of consensus trees and multiple supertrees", Nadia Tahiri (UQAM)
17:45 - 18:00 "Assessing the impact of chemicals on human health from a toxicogenomics perspective", Nehme Hachem (IRCM)
Abstract of the presentation on the GenAP Portal, by David Bujold
"The GenAP bioinformatics software analysis pipelines having been the topic of a previous talk at MonBUG, this presentation will focus on the web services of the project.
The GenAP Portal (Genetics and Genomics Analysis Platform) is an online platform designed for life sciences researchers with the goals of making bioinformatics analyses and data sharing more accessible to non-bioinformaticians, and reducing the bottlenecks associated with genomics data processing. To reach these goals, it provides a web interface with user-friendly analysis tools leveraging Compute Canada resources, such as a Galaxy setup, a UCSC Genome Browser mirror and the IHEC Data Portal."
Abstract of the presentation on phylogenetic trees by Nadia Tahiri (translated from French)
"We will be presenting new algorithms refining the inference of consensus trees and supertrees obtained by the regrouping of phylogenetic trees (i.e., additive trees or X-trees). The advantage of our approach relative to the classical approaches, which always return a unique tree (i.e. consensus tree or supertree), is that our algorithms propose one or more trees (i.e. consensus tree or supertree) as a solution, depending on the topologies of the trees given in input. We use the k-means algorithm to obtain the optimal partitioning of the set of trees considered. We will apply the proposed algorithms to analyze numerous real and simulated datasets."
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Nous avons hâte de vous voir à notre prochaine réunion de MonBUG!
Encore une fois, nous avons trois excellents présentateurs.
David Bujold va présenter le portail GenAP, qui sera bientôt un outil essentiel pour toute personne faisant des analyses génomiques au Canada.
Nadia Tahiri va présenter sa recherche sur le développement de nouveaux algorithmes pour construire des arbres phylogénétiques.
Nehme Hachem va présenter son analyse bioinformatique des impacts des substances chimiques sur la santé humaine, d'une perspective toxicogénomique.
Nous avons délibérément choisi d'avoir des présentations et des réunions courtes. Si vous voulez poursuivre la discussion après la réunion, vous êtes les bienvenus.
16:00 - 16:10 Introduction, et questions, commentaires ou annonces des participants, Alexis Blanchet-Cohen
16:10 - 17:00 "Améliorer l'accessibilité aux outils bioinformatiques via le portail GenAP", David Bujold (McGill)
17:00 - 17:15 Rafraîchissements et collations
17:15 - 17:45 "Algorithmes bioinformatiques pour la reconstruction d'arbres consensus et de super-arbres multiples", Nadia Tahiri (UQAM)
17:45 - 18:00 "Déterminer l'impact des substances chimiques sur la santé humaine d'une perspective toxicogénomiqe", Nehme Hachem (IRCM)
Résumé de la présentation sur le portail GenAP de David Bujold (traduit de l'anglais)
"Puisque les pipelines d'analyse de GenAP ont déjà été le sujet d'une présentation à MonBUg, cette présentation portera sur le portail Web de GenAP.
Le portail GenAP ("Genetics and Genomics Analysis Platform") est une plateforme en-ligne conçue pour les chercheurs en sciences de la vie. Les objectifs du portail sont de rendre plus accessibles les analyses bioinformatiques et le partage de données aux non-bioinformaticiens, et réduire les embouteillages associés aux traitements de données génomiques. Pour atteindre ces objectifs, GenAP fournit une interace Web avec des outils d'analyse conviviaux qui tirent avantage des ressources de Calcul Canada, comme une instance de Galaxy, un miroir du UCSC Genome Browser et le portail de données IHEC."
Résumé de la présentation sur les arbres phylogénétiques par Nadia Tahiri
"Nous présenterons de nouveaux algorithmes permettant d’affiner l’inférence d’arbres consensus et de super-arbres obtenus par regroupement d’arbres phylogénétiques (i.e., arbres additifs ou X-arbres). L’avantage de notre approche par rapport à l’approches classique, qui retournent toujours un arbre unique (i.e., arbre consensus ou super-arbre), est que nos algorithmes proposent comme solution un ou plusieurs arbres (i.e., arbre consensus ou super-arbre) dépendamment des topologies d’arbres fournies en entrée. Nous utilisons l’algorithme des k-moyennes pour obtenir le partitionnement optimal de l’ensemble des arbres considérés. Nous appliquerons les algorithmes proposés pour analyser de nombreux jeux de données réelles et simulées."
